医生可以通过行直肠指检来检查前列腺。

医生也可以通过尿液显微镜检查了解细菌性前列腺炎的致病菌的类型。此外，还可以通过尿液的细菌培养来确定细菌的类型并确定该致病菌对何种抗菌药物敏感。

为了确定前列腺是否存在感染，医生可以通过按摩前列腺来获得两个尿液样本，一个是前列腺按摩前的尿液样本，一个是前列腺按摩后的尿液样本，前列腺按摩后的尿液样本中包含了前列腺液，如果前列腺按摩后的尿液样本中包含了前列腺按摩前的尿液样本中不存在的细菌和抗炎细胞，则提示前列腺存在感染。

要诊断慢性前列腺炎/慢性骨盆疼痛综合征，医生必须排除所有其他的可能引起该症状的病因，如肾结石，膀胱功能紊乱以及感染。由于要排除许多其他可能的病因，因此医生可能会制定很多的检查，包括超声或者是磁共振（MRI），活检，血液检查及膀胱功能检查。

如果所有其他可能的病因都被排除，那么医生可能会给出慢性前列腺炎/慢性骨盆疼痛综合征的诊断，而一些调查量表，如美国国立卫生研究院慢性前列腺炎症状指数调查问卷（NIH-Chronic Prostatitis Symptom Index）则有助于了解治疗的效果。