良性前列腺增生症的病因目前还不是很清楚，没有很明确的风险因素。几个世纪以来，BPH一直被认为是一种老年男性疾病，在青春期前切除睾丸的男性不会出现这种疾病。因此，一些研究人员认为，睾丸和老年化相关因素是导致BPH发生的主要原因。

男性在其整个生命周期中会持续分泌睾酮和少量的雌激素，睾酮是一种很重要的男性激素，而雌激素则是一种女性激素。随着男性年龄的增长，血液中有活性的睾酮数量会减少，导致雌激素的比例升高。有动物实验显示增加前列腺内雌激素的水平可导致促细胞生长物质活性的增加。

另一种理论则侧重于双氢睾酮，双氢睾酮源自于前列腺内的睾酮，它能控制前列腺的生长。大多数动物随着年龄的增长会逐渐失去产生双氢睾酮的能力。但有研究发现老年人即便血液中双氢睾酮的水平下降，但仍在其前列腺内产生和累积大量的双氢睾酮。这些双氢睾酮可促进前列腺细胞的生长。科学家们还指出不能产生双氢睾酮的男性不会患上BPH。

一些研究人员认为BPH的发生可能类似于生命早期细胞接受“指令”的结果，也即是“胚胎再唤醒学说”。依据这种理论，BPH之所以发生，是因为一部分前列腺组织接受了这种指令并在人体生命晚期出现“再唤醒”。这些“再唤醒”的细胞再把这些信号传递给前列腺的其他细胞，做出再生长的指令或者使他们对影响它们生长的激素更加敏感。