2009年9月加拿大的研究人员发现接种过季节性流感疫苗的人群患甲型H1N1流感的风险高。

2009年春季，一所学校爆发甲型H1N1流感，出现咳嗽、发烧的人均是接种季节性流感疫苗次数较多的人。

几个加拿大公共卫生机构因此在2009年夏季新开展了4项研究以进一步调查这种现象，这4项研究纳入了2700名未患甲型H1N1流感和甲型H1N1流感患者。其中一项研究发现季节性流感疫苗可致甲型H1N1流感患病风险增加68%。另外三项研究则发现，和未接种季节性流感疫苗的人相比，接种季节性流感疫苗的人甲型H1N1流感患病风险增加了1.4-1.5倍。

据有关消息，世界卫生组织(World Health Organization,WHO)已经承认其应对甲型H1N1流感措施不当。

WHO流感专家 Keiji Fukuda承认甲型H1N1流感大流行的六个警戒级别设置混乱，并导致公众对该病的普遍性恐慌，而实际上甲型H1N1流感比禽流感的致死性还要低。

批评者指出WHO和制药业有瓜葛，许多医药公司从政府庞大的H1N1疫苗储存中获得了丰厚的利润，其中很多疫苗被闲置。